Помимо шиваитского и вайшнавского течений в стране существовало и буддийское. Можно без колебаний сказать, что среди индийских религий ни одна не получила столь широкого распространения. Её следы и сегодня встречаются по всему миру. Христианство — плод буддийского сострадания. В той или иной форме буддизм сохранялся до XII века, но затем из-за противодействия Кумарилы, Шанкары, Горакши, Рамануджачарьи и других, отсутствия руководителей и собственных искажений почти исчез в Индии. Нападение Бахтияра Хилджи на Бихар в XIII веке разрушило его центры и ещё более ослабило его. Оставшиеся буддисты обратились к тантре и йоге. Традиция натхов оказалась для них весьма подходящей; политические обстоятельства тоже были неблагоприятны. Им противостояли и в Непале. До Хилджи ущерб буддизму нанесли нападения Гури, особенно в Сарнатхе.
Разные формы буддизма отражены в сочинениях на санскрите, пали, пракрите и апабхранше. В «Харшачарите» Банабхатты упоминаются буддийские тантрические практики, совершавшие духовную практику на горе Виндхьячал в красных одеяниях. Буддисты не ели мяса; некоторые из них верили в Бога. Однако созданная позднее, в XI веке, «Прабодха-чандродая» показывает совсем иной облик: даже монахи стали искать наслаждений и произвольно толковать буддийские тексты. Один буддийский наставник говорит: «Эй, миряне и монахи, слушайте нектарные слова Благословенного Сугаты! (Читает книгу.) Божественным зрением я вижу благие и дурные участи людей. Все обусловленные явления мгновенны, постоянного атмана нет. Поэтому, если монахи станут нападать на женщин, не завидуйте ему: зависть — скверна ума. (Глядя за сцену.) Шраддха, подойди сюда».[^fn-p265-1] До сих пор нет достоверного перечня, позволяющего определить, сколько натха-сиддхов пришли из шиваитской, джайнской и буддийской сред. Даже Горакшанатха считают выходцем из буддийской традиции: к его имени иногда присоединяют титул «па». По мнению некоторых авторов, традиция натхов была тесно связана с буддийскими направлениями ваджраяны и сахаджаяны. Далее эти направления рассматриваются по отдельности.