Основой издания служит рукопись C — древнейшее и совершенно особое свидетельство текста. Это двуязычный санскритско-тибетский манускрипт, хранящийся в Библиотеке Дворца культуры народностей в Пекине; самого оригинала издателям увидеть не удалось — они работали по фотографиям некачественных чёрно-белых копий, полученных Леонардом ван дер Куйпом около 1990 г. Впервые этот памятник ввёл в научный оборот Куртис Шеффер (2002). Рукопись состоит из 38 отдельных листов, по-видимому бумажных, и почти не повреждена. Текст на каждой странице расположен в три строки: санскрит, записанный подражанием восточноиндийскому почерку (обозначается CS), его побуквенная передача тибетским письмом дбу-чен (CT) и тибетский перевод письмом дбу-мед (Ctr). Колофон санскритского текста указывает дату переписки, соответствующую 2 марта 1160 г. н. э., что делает C старейшим датированным свидетелем.
Издатели так восстанавливают историю этого памятника: неизвестный тибетский писец нашёл индийскую рукопись (судя по форме букв — восточного письма, датированную 1160 г.), сначала скопировал её, подражая исходному почерку, затем побуквенно передал тибетским письмом дбу-чен — вероятно, ради собратьев, не читавших индийских азбук, — и, наконец, присоединил уже готовый тибетский перевод, тактично оговорив, что тот не всегда точно соответствует его тексту. Любопытно, что этот старый перевод (Ctr) местами расходится с санскритом рукописи и совпадает с другими свидетелями — а значит, ветви предания разошлись ещё до создания рукописи C.
Издатели предупреждают, что принятые чтения рукописи C нередко нарушают правила метрики (стихотворного размера ануштубх): по-видимому, автор либо не знал этих правил, либо сознательно ими пренебрегал. Значительная часть разночтений в двух других ветвях предания — северной и южной — объясняется как раз попытками позднейших переписчиков исправить эти неправильности, а также стремлением заменить буддийскую терминологию и обороты речи на более привычные.
«Северная» группа (β) объединяет рукописи из Джодхпура и Катманду. Это уже сильно переработанное предание, однако в целом его чтения несколько ближе к рукописи C, чем чтения южной группы. Вместе с тем и здесь заметны две главные черты всех поздних изводов — правка стихотворных строк ради размера и замена буддийских терминов и оборотов.
Джодхпурскую подгруппу составляют две близкие по почерку рукописи первой половины XIX в. из библиотеки Махараджи Ман Сингха (Ман Сингх Пустак Пракаш) в форте Джодхпура — J₁ (12 бумажных листов) и J₂ (17 листов), писанные шрифтом, напоминающим джайнскую нагари; чтения J₂ обычно лучше и содержат меньше мелких ошибок, но обе восходят к общему архетипу, и ни одна не является прямой копией другой. Катмандускую подгруппу образуют четыре непальские рукописи (K₁–K₄), прочитанные по микрофильмам Непальско-германского проекта сохранения рукописей: сильно повреждённая и перепутанная по листам K₁ (переписана в 1773 г.); изящная, но неполная K₂ (предположительно XIX в.); K₃ — работа вдумчивого писца-редактора, ньюарского врача Кришнагопалы, внёсшего в текст немало удачных исправлений (переписана в 1945 г. с оригинала 1683 г.); и K₄ — старейшая датированная из северных рукописей (1680 г.), записанная общеньюарским письмом (прачалита-липи).
«Южная» группа (ν) представлена частичным изданием отрывка бенгальским письмом и пятью пальмо-листовыми рукописями письмом грантха с юга Индии. Её отличительные черты — сохранение вступительного стиха-мангалы во славу буддийской богини Чиннамасты (которого нет в северной группе) и общая для этих свидетелей лакуна (пропуск) в средней части текста. Печатный отрывок (обозначается Bed) — приложение к редкому бенгальскому изданию Бхоланатха Натха (1974) — по сути лишь транскрипт южной рукописи с редкими неоговорёнными поправками. Пальмо-листовые свидетели — это A из Адьярской библиотеки в Мадрасе (ныне Ченнаи), M₁ и M₂ из Мадрасской правительственной восточной библиотеки рукописей (M₁ была доступна лишь по описанию в каталоге) и V из Восточного института Университета Махараджи Саяджирао в Бароде, где «Амритасиддхи» переписана вместе с пятью другими сочинениями о хатха-йоге.
Особняком стоит рукопись M₃ — самая своеобразная из южных. Её чтения часто близки к ν, но она сохраняет и ряд хороших чтений, встречающихся не в ν, а в C и (или) в северной группе; из-за этого издатели не включили её в группу ν. К сожалению, M₃ не окончена и обрывается на стихе 11.6.